Seine heutige Sammlung wurde in den letzten dreißig Jahren durch Ankäufe in Auktionen, im Handel und von Privatleuten zusammengestellt. Dabei sollten möglichst viele und beispielhaft für die Geschichte Preußens stehende inhaltliche Aspekte durch Gegenstände veranschaulicht werden. Über die vergangenen Jahre wurden dem Museum auch viele Objekte aus Nachlässen geschenkt. Die Sammlung umfasst etwa 15.000-20.000 Objekte vom kleinen Knopf bis zum riesigen Wandgemälde. Die Stücke der Sammlung stammen aus einem historischen Zeitraum vom 17. Jahrhundert bis in die Gegenwart. Zweck und Ziel der Sammlung sind der Erhalt, die Dokumentation und Bewahrung von Sachzeugnissen zur Geschichte und Überlieferungsgeschichte des früheren Staates Preußen. Derzeit ist ein Sammlungskonzept in Vorbereitung, das langfristig Ziele und Strukturen festlegen und definieren soll. Das LWL-Preußenmuseum verfügt über gegenständliche Exponate aus den Bereichen Textilien, Fahnen, Porzellan, Keramik, Glas, Skulpturen, Orden, Abzeichen, Militaria und Varia. Ferner über größere Bestände an Ölgemälden, Druckgrafik und Fotografien, Bücher, Zeitungen und Schriftgut aller Art.